三格式化糞池是由三個相互連通的密封糞池組成，糞便由進糞管進入一池依此順流至三池，其各池的要原理：　

一池：要截留含蟲卵較多的糞便，糞便經發酵分化，松散的糞塊因發酵膨脹而浮升，比嚴重的下沉，因此形成上浮的糞皮、中層的糞液和下沉的糞渣。使用寄生蟲的比嚴重于糞尿混合液的原理使其天然沉降于化糞池底部。使用糞液的浸泡和翻動化解糞塊使其液化并截留糞渣于池底。厭氧發酵：化糞池的密閉厭氧環境，可以分化蛋白性有機物，并發生氨等物質，這些物質具有殺滅寄生蟲卵及病菌的效果。 　

二池：起進一步發酵、沉淀效果，與一池相比，二池的糞皮和糞渣的數量減少，因此發酵分化的程度較低，因為沒有新糞便的進入，糞液處于比較停止狀況，這有利于漂浮在糞池中的蟲卵持續下沉。 　　

三池：要起儲存糞液的效果。經前二格處理的糞液進入三池，基本上已經不含寄生蟲卵和病原微生物，達到了糞便無害化要求，可以供農田直接施肥。